本種は、北太平洋探検の報告書を記したHallowell氏によって1861年、多くの琉球の爬虫両生類と共に記載された[2]。その後、当時は広域分布種であると考えられていた C. boutoniiの亜種として扱われて以降、しばしの間その扱いが続いた。2007年、オガサワラトカゲ属の分類学的検討を行ったHorner氏によって、本種は再び独立種として扱われることになった[5]。
Hallowell, E. (1861). Report upon the Reptilia of the North Pacific Exploring Expedition, under command of Capt. John Rogers, U. S. N. Proc. Acad. Nat. Sci. Philadelphia 12 [1860]: 480 – 510.
日本爬虫両棲類学会.(2021).新 日本両生爬虫類図鑑.サンライズ出版,滋賀.
Hayashi, F., Shima, A., Horikoshi, K., Kawakami, K., Segawa, R. D., Aotsuka, T., & Suzuki, T. (2009). Limited overwater dispersal and genetic differentiation of the snake-eyed skink (Cryptoblepharus nigropunctatus) in the oceanic Ogasawara Islands, Japan. Zoological science, 26(8), 543-549.
Horner, P. A. U. L. (2007). Systematics of the snake-eyed skinks, Cryptoblepharus Wiegmann (Reptilia: Squamata: Scincidae)–an Australian-based review. The Beagle Supplement, 3, 21-198.